辨症玉函
序总论论汗麻症干渴发热论论下体冷全身冷论口疮论腹痛论吐痰论唇舌干燥唇舌破裂舌苔论发斑论云暗看疹诸色论论咳嗽论鼻涕鼻衄鼻扇论发搐总附咳嗽诸方论总附渴症诸方论总附鼻涕鼻衄诸方论发水泡论论气促眼闭论（总附白
类证普济本事方
序卷之一诸中门中风中气中寒中暑中湿中恶厥卷之二诸伤门伤风寒伤暑伤湿伤酒伤食伤食泻卷之三诸气门七气痞塞积聚肿蛊胀香港脚阴气手气小肠气卷之四诸血门鼻衄舌衄肌衄牙宣吐血咯血嗽血小便血破伤血（见疮毒 扑证）大
鍼灸甲乙经
自序卷一一明望色之法望色论（附律一条）一明闻声之法闻声论（附律二条）一明辨息之法辨息论（附律一条）一明胸中大气之法大气论（附律一条）一明问病之法问病论（附律一条）一明切脉之法切脉论（附律一条）一明合色
序小引揉积论综概晒说跋
孙序卷一三吴治验万历龙飞二年吴小峰小川目疾万历甲戌沈中丞案张孝廉后渠大头疫吴江孙行人痛风（有发明）郑都谏公子痘（有发明）张文学子心病虚弱（有发明）大宗伯董浔阳翁脾胃疾（有发明）董龙山夫人便血马厨疟痢并
序序卷一太阳篇卷二阳明篇卷三少阳篇卷四太阴篇卷五少阴篇卷六厥阴篇
伤寒审证表