卷一针道源流针灸直指针灸方宜始论刺热论刺疟论刺咳论刺腰痛论奇病论刺要论刺齐论刺志论长刺节论皮部论经络论骨空论刺水热穴论调经论缪刺论经刺论巨刺论手足阴阳流注论卫气行论诊要经终论刺禁论刺法论五刺应五脏论：
叙言卷一调经古今方十九首种子时方三首外备方三首卷二胎前金匮方八首时方九首卷三产后金匮方论一十一首卷四杂病金匮方一十九首外科眼目瘰乳痈乳岩（附）乳缩乳卸附∶妇人阴挺论续记
洄溪医案
小引卷之一医学源流第一中风第二虚痨第三咳嗽第四疟疾第五痢症第六心腹痛胸痹第七隔食反胃第八气喘第九血症第十水肿第十一卷之二胀满蛊胀第十二(水肿参看)暑症第十三泄泻第十四眩晕第十五呕哕吐第十六(呃逆附)癫
自叙凡例卷一总论察色听声脉法脉应杂病看虎口三关法小儿指形图（十五幅）（图缺）初生诸病胎惊胎痫胎风胎黄胎寒胎热撮口鹅口（一名噤口风．又名雪口．）脐风脐湿肿脐疮脐突惊风惊搐由脏腑惊搐痫痉不同伤风伤食发搐惊
毛对山医话
辨症汇编
鲁府禁方
析骨分经
素灵微蕴序素灵微蕴卷一胎化解脏象解经脉解营卫解脏候解素灵微蕴卷二五色解五声解问法解诊法解医方解素灵微蕴卷三齁喘解吐血解惊悸解悲恐解飧泄解肠澼解脾胃解火逆解素灵微蕴卷四消渴解气鼓解噎膈解反胃解中风解带下