卷一针道源流针灸直指针灸方宜始论刺热论刺疟论刺咳论刺腰痛论奇病论刺要论刺齐论刺志论长刺节论皮部论经络论骨空论刺水热穴论调经论缪刺论经刺论巨刺论手足阴阳流注论卫气行论诊要经终论刺禁论刺法论五刺应五脏论：
第1部分第2部分第3部分
析骨分经
仁斋直指方论
基础篇观发识病视目诊病一、眼部颜色改变二、眼部形态改变视口辨病１．观口唇颜色２．观口腔颜色３．观形态变化４．口腔形态变化观舌诊病１．观舌色２．观舌形３．观舌态４．观舌苔观鼻识病１．鼻部色泽变化２．鼻部
卷上勿药须知疗心法言林鉴堂安心诗养心说养肝说养脾说养肺说养肾说斋说食忌说食饮以宜居室安处论居处宜忌说寝室宜忌说卧时祝法睡诀孙真人卫生歌真西山卫生歌养神气铭孙真人养生铭谨疾箴导引却病法内养下手诀运气法固
第1部分第2部分
总论出产择地土收采按时月藏留防耗坏贸易辨假真咀片分根梢制造资水火治疗用气味药剂别君臣四气五味七情七方十剂五用修合条例服饵先后各经主治引使用药法象卷之一草部上人参黄耆甘草白术生干地黄当归牛膝黄精远志石菖
简介序卷第一卷第二卷第三卷第四卷第五卷第六卷第七卷第八卷第九卷第十卷第十一卷第十二卷第十三卷第十四卷第十五卷第十六卷第十七卷第十八卷第十九卷第二十
序一序二序三重锓类证治裁序序四自序皇清例授文林郎先考羲桐府君传略凡例卷之首内景综要卷之一中风论治中风脉候附方中风脉案伤风论治伤风脉候附方伤风脉案伤寒治要经腑论伤寒脉案温症论治温症脉候附方温症脉案风温脉